通關單是植檢、商檢、衛檢合格后，中國檢驗檢疫局發給的。通關單是由檢驗檢疫局印制的。
通關單如何辦理？
通關單由原出入境檢驗檢疫部門簽發，以出口通關單為例，企業提交檢驗申請后，提供有關單證和資料，由原檢驗檢疫部門人員確定到廠抽樣時間，對實際產品抽樣檢驗。檢驗合格后，原檢驗檢疫部門為產品出具通關單，在通關單規定時間內，該批次產品可憑通關單報關。
通關單為什么取消了？
原進出境檢驗檢疫部門劃入海關后，不再需要跨部門提供憑證，通關流程的簡化成為改革方向，海關內部即可完成對法檢商品的檢驗與確認；《中華人民共和國進出口商品檢驗法》作出修改，刪除“海關憑商檢機構簽發的貨物通關證明驗放”，為通關單的取消確立了法律依據；為促進貿易便利化，簡化通關手續，縮短整體通關時間，海關總署決定全面取消通關單。
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