獨立站的優勢在于：1、規則靈活自由，抗風險能力高。獨立站不需要依賴第三方，賣家可自由控制自己的品牌，采取靈活的方式進行營銷，不受制于第三方政策或規則，傭金低。2、有助于進行差異化競爭，有效塑造品牌形象。在第三方平臺，消費者更關注的是平臺背書及產品本身，品牌的影響因素被弱化；獨立站則是品牌展示和宣傳的沃土，賣家完全可以依照自己的心愿，結合豐富的呈現形式，展示產品特點、品牌內涵和企業個性，并結合社群運營和站外營銷，不斷擴大品牌影響力。3、掌握用戶信息，成為后續品牌發展的內在力量。目前，第三方傳統電商平臺只對商家開放了部分數據，很多核心的用戶數據和賬號資產等可長期增值的東西是屬于平臺的；但是在獨立站上，所有數據都屬于企業。企業可以利用沉淀下來的用戶數據打造屬于自己的私域流量池，搭建圍繞品牌和產品的用戶社群，實現數據的二次開發，創造數據的“復利價值”。
獨立站唯一的劣勢就是沒辦法像平臺店鋪一樣有相對精準的站內流量。但目前作為流量總閘口的Google與Facebook改變了流量分發機制，更傾向于將流量分配給千萬萬萬個中小電商網站。而且自媒體平臺的火爆，也推動了獨立站流量源頭的多元化，譬如Instagram、YouTube、TikTok、likee等社交平臺的崛起，有利于跨境賣家以更多樣的手段導入流量。