雙清包稅在一定程度上簡化了清關(guān)的手續(xù)，但也存在關(guān)于貨物來源無法解釋的風險。
市面上有為數(shù)不少的貨代公司為了能為客戶提供雙清包稅的業(yè)務(wù)，選擇注冊空殼公司進行營業(yè)，且?guī)椭渖暾埗愄柕囊仓皇且恢虢獾臓顟B(tài)，本身就不是專業(yè)從事稅務(wù)、法務(wù)的人員。而因此，一旦貨柜遭到扣押，貨代公司往往手足無措，沒有具體的應對機制。